、入駐門檻不同
Shopify是支持個人及企業賣家入駐的，同時還需要準備一箇二級域名，不需要有電商經驗要求，即可申請開店；而Shopee的話，需要賣家有營業執照才能入駐，個體戶和企業營業執照都可以；還需要賣家有淘寶、天貓等內貿或者是亞馬遜等外貿經營經驗，且提供第三方店鋪流水。
2、運營模式不同
Shopify因爲是賣家自己建立一箇網站運營的，所以運營模式的選擇也比較靈活，可以是官方旗艦店、批發網站、鋪貨等，是沒有特別的要求的；Shopee主要是一箇B2C的模式，而且現在主要發展移動端，目前跟早期的淘寶比較像，比較適合中小賣家入駐開店。
3、發貨方式不同
Shopify賣家發貨，可以通過自發貨、海外倉或者是Shopify Shipping發貨，選擇比較靈活，而且沒有發貨時效限制；Shopee的話，賣家是需要通過官方物流SLS或者是與Shopee合作的物流才能發貨，而且要求要48小時內有物流信息更新，否則會被認爲是虛假髮貨的。
4、開店費用不同
Shopify開店，賣家是需要購買一箇店鋪計劃纔可以運營店鋪的，否則3天免費試用期過後，不能繼續運營，同時還有店鋪模板費、pp費用等；Shopee的話，主要就是需要訂單成交佣金，新賣家前三個月免佣金之後會收取4%-6%的佣金，以及2%的交易手續費。
目前免費試用Shopify3天，不需要信用卡，然後
5、推廣方向不同
Shopify開店，大部分賣家都是爲了更好建立自己品牌的，賣家推廣主要是通過fcebook、twitte、Ins等平臺去推廣引流的，覆蓋面是很廣的；Shopee的話，最主要還是通過站內廣告投放去獲得更多的曝光，目前站外推廣方向也比較少，引流這一塊，Shopee是要比Shopify要簡單一些的。
無論是Shopee還是Shopify，或者是其他電商平臺，做跨境電商，其實並沒有哪個最好，只有適不適合自己，這樣才能帶來更大的效益。